أحمد مرسي هو زميل زائر في مجلس الشرق الأوسط للشؤون الدولية، حيث يعمل على الديناميات الجيوسياسية والأمنية والاقتصادية المترابطة بين منطقة الشرق الأوسط والقرن الأفريقي. وتضمّ اهتماماته البحثية السياسات الخارجية والأمنية في الشرق الأوسط، والإصلاحات السياسية في العالم العربي.
وهو أيضاً باحث أول مشارك في برنامج الشرق الأوسط وشمال أفريقيا في معهد ستوكهولم الدولي لأبحاث السلام. وكان قبل ذلك محلّلاً أول في مجموعة أوراسيا، حيث أجرى بحوثاً حول المخاطر السياسية والاقتصادية في شمال أفريقيا وتحليلها. وشارك مرسي في تأسيس الشبكة العربية للعلوم السياسية، وكان سابقاً مدير برنامج الشرق الأوسط وشمال أفريقيا في الجمعية الأمريكية للعلوم السياسية.
وقد نُشرت تحليلات مرسي من قِبَل معهد ستوكهولم الدولي لأبحاث السلام، ومركز كارنيغي للشرق الأوسط، ومعهد الشرق الأوسط، بالإضافة إلى المجلس الأطلنطي، ومعهد التحرير لسياسات الشرق الأوسط وغيرها.